台湾原住民认为宇宙和大地是由无数超自然的、无形的“灵”支配着。各地区原住民关于“灵”的观念不尽一致，如北部的原住民相信凡生物皆有灵，但人的灵始有神力；南部的原住民则认为万物皆有灵，故有人鬼及其他诸神。他们都认为人灵有生灵与死灵之别，死灵才具有神力。布农人、曹族人除了灵魂观念以外，并有创造神和司理神的观念，不过这二者尚未达到人格化的程度。排湾人、鲁凯人、卑南人和阿美人已有多神观念，排湾人有雕刻的神像，是神人格化的具体表现，但他们关于神灵与灵魂的观念是经常混淆的。

　　原住民把人的“灵魂”分为生灵和死灵两种。人生存时灵魂存在于身体的各部分，灵魂脱离肉体，人便得病，灵魂完全脱离肉体，人便死亡。他们认为打喷嚏是灵魂脱出的现象，故普遍忌打喷嚏。在他们看来，睡眠是暂时的死亡，而患病则是生灵一时被恶神所夺，尚可争取恢复，一旦恢复不了便是死亡。死灵有善恶之分。生前积善或有功者，其灵顺利进入天府、灵界，而横死者的恶灵则到处游荡，没有归宿，不能进入天府、灵界，只好彷惶徘徊于人间，作祟生人。阿美人认为生人体内有魂和魄，人死后魂升入天空，变为祖灵；魄则化为泥土而消失；如因急病、自杀、他杀、横死等恶死的魂，则徘徊于死所附近，作祟生人。泰雅人观念中只有一个灵魂，叫“乌道哈”。曹人阿里山群落，认为灵留在村落，魄一律可入灵界，一般人的灵魂将化为人、狗、百足蛇、鸟等。所以原住民都认为灵在灵界内仍过着家庭生活，那里是极乐世界，距离现世路途遥远，但灵能自由与现世来往，如果现世的人备有酒肉祭祀，其灵即至。　　

　　除灵魂外，原住民已产生有神的观念。他们认为有主宰人生吉凶祸福的神，所以需要祭祀、祈祷。神也分为善恶两种，善神是守护与赐福之神，是祭祀与祈祷的对象，如天神、地神、山神、河神和其他自然神等；恶神则是疾病与灾祸之神，是禳祓诅咒的对象。　

　　梦卜相当流行，原住民普遍崇奉祖灵，举凡日常生活和重大行为前要以梦卜祖先神意，预测吉凶。梦兆被视为祖灵对行为、结果、吉凶安危的暗谕和兆示。梦兆常作为现实生活现象的反映，而吉凶的判断则约定俗成。卜重大集体行动之吉凶，以负一定责任的人的梦为占卜的依据。一般根据梦的内容判断吉凶。例如，布农人出猎前梦占，凡梦见阳具、触摸女阴、与女人同寝、吃饭、喝酒。杀敌、遇见背小米者并得其馈赠等，皆为吉兆；如梦见遭劫、妻子出走、与人搏斗未占上风等，皆为凶兆。排湾人梦见水淹、杀猪、日落、破陶壶、人送木箱等，为死兆；梦见性交、日出、火枪、贝珠、分娩、人送陶壶等为吉兆。梦占的方式有集体与个人两种，前者指参与行动的成员于会所或营地宿夜行梦，翌日晨各自呈报梦兆，得吉兆者可参与其事，得凶兆者则无权参与；也有由部落年龄群体的头目、祭司或巫师等主梦而决定团体行动的。在判断梦境时，也有反梦，即将梦的内容作相反的解释，例如梦到自己和亲人死亡，认为是长寿吉兆；如梦到饱食，认为是腹痛凶兆等。梦占要恰守禁忌，谨言慎行，否则失灵。梦占通常与乌占结合使用。　
　
　　水占在赛夏人地区很盛行，多用于寻找遗物，或遇有疑难或疾病，则行水占。水占以碗盛水，投草一支，在碗中立细竹枝管一根，祷告后，凑耳朵细听竹管“倾诉”，据说会听到精灵给其指示，可以判断吉凶。失窃东西时，用竹管一支，一端含在口中，另一端浸在水里，吸些水，然后用力向空中猛吹，视喷出的水所指方向，来判断失物所在方向。竹占在卑南和阿美两族地区很普遍，如遇家人连续死亡，多行竹占以决定应否要请巫医来做法事。卜具取自法定竹林中的青竹。采竹前梦占，格守禁忌，不与妻子同房，不食动物及河鱼等。竹长约1至2尺，首尾一端有节一端无节，剖开制成竹板，或锯成若干竹片，奉以酒、糕等家品，涂牛血禳祓，即具有降兆晓示的法力。卜前，念咒语祈求神灵或祖灵解疑，尔后将竹节置于人上灸烤，据竹节所呈裂痕判断凶吉；或将无节的一端切细、削薄，在一边凿一个三角洞，念咒语后用力折断，据断口形状与裂纹决断的吉凶，来判断疾病轻重和应施的除灾法术。
　　
　　草占流行于阿美人中部地区，占卜前先到野外寻找茅草之东向者，请巫师前往斩代特归使用。占卜时由巫师持茅草一端对准口际，呼神之名，然后请问灾祟的原因和疑难事由。然后抚摸茅茎，谓如符合所说者，茅茎可以伸长触口作答。　
　
　　布农行瓢占法，在瓢壶上放一圆石，由石的固定与否以判凶吉。

　　原住民在占卜和祭祀时，使用的法器有箱、木壶、木缸和瓢壶等。占卜法器箱大多用木制，也有用竹篾编成。木制法器箱系用整块木料，挖空中心，成为一方箱，无盖。箱外正面刻画人头纹或蛇纹，有时在箱的两侧和背面也雕刻花纹。最精致的法器箱还在木箱表面嵌入贝壳或瓷钮，并涂上红、黑两种颜色。排湾人占卜道具箱以女巫所用者为多，箱内储藏小刀、猪骨、猪脂、相思树叶、珠子等物。女巫作法时，取出这些东西家把神灵、念咒。不过，箱内所装事物各地也有不同。　　
　　在原住民中，有专门替人意咒祈祷、驱除邪祟、医治疾病并接受酬礼的巫师。他们依神为业，介于神与人之间，经常每社有数人至十余人，以阿美人为多，市农人、素雅人较少（每社仅有一二人）。北部的原住民巫师多为女性，一般认为女巫的法术较男巫为高明，她们多为世袭。南部的原住民虽有不少男巫，仍以女巫居多数，但无男女巫法术能力分高低的观念，不分男女均需学习巫术后始能取得巫师资格。布农人的女巫也较多，曹族人则以男巫为多。巫师的社会地位极高，受到人们敬畏。对巫师的酬谢礼物，一般为猪、鸡、谷物、食物、布或其他物品，行咒时的祭祀供品，一般也都归巫师。布农人与阿美人还有宴请巫师的习惯。原住民认为一切吉凶祸福是精灵所致，精灵有善恶之分，祭祀以善灵为对象，巫术以恶灵为对象，依靠巫术可以解除恶灵的作祟；也有用巫术求助善灵保佑，来驱除、镇压以至安慰恶灵的。巫术可以分为普通巫术和特殊巫术两大类，普通巫术人人可以作，特殊巫术只有巫师通过学习后才能施行。行使巫术要使用一定的法物、咒法和咒语，最普遍使用的法物是茅叶、菖蒲根、竹、兽骨等，有时也用油、猪肉、饭、糕等来作法。　
　
　　原住民的主要巫术有宣托、压胜、禳祓、黑术等。　
　
　　宣托是将祈求的目的告诉神，求神给予指示。例如泰雅人以二寸许两根竹箸，插于脚趾之间，再在竹箸尖端置小竹管，若固定在竹管上端，则表示所问的答案是肯定的，若跌落则是否定。又如卑南族女巫在作法时，以头发、竹或草、酒陈列于地上，摇振铜铃，然后根据铃声来判定神意。　　

　　压胜是克制和驱除疾病的普通方法，在普通巫术中作法很多。例如外出时，以菖蒲根挂胸前，或在夜间行路时涂炉灰在额上，以求平安。又如用茅叶拂触病人身体若干次，认为可以治病；或以菖蒲根、芽叶擦患处后丢掉，以期治愈患处；或以线将病人与猪、鸡相连，意在使疾病移到猪、鸡的身上，然后将猪、鸡杀掉，使疾病消失。

　　禳祓普遍用于一般性的灾祸。例如赛夏族在淫雨中，有祈晴的禳祓祭；布农族遇有人横死者，则请来巫师行禳祓祭；阿美族北部地区在遇疾病流行时，要请社里巫师参加禳祓。各地原住民发现路毙横死者，一定要请巫师进行禳祓，以驱除崇秽。此外，泰雅人产儿十天至二十天时，要由产妇抱婴儿到室外见天日，行禳祓，以保障婴儿以后出门，不受恶灵侵扰。　
　
　　台湾原住民中还有害人的黑巫术，专门咒人害病或死亡。据泰雅人传说，古代巫师秘密养有一种名叫“浩奈”的魔鸟，人如见到这种魔鸟，会立即死亡。巫师往往受人雇佣，放魔鸟害人。布农族传说过去有行黑巫术的咒师，他们屈指念被害人的名字，手持竹片念咒，暗地放竹片在仇人腹中，使其生病而死。也有手持火把和生姜念咒，其意乃使火入仇人身内发烧，生姜使其痛苦，等等。这些黑巫术现已灭绝，不再行使。高山各族群的祭祀仪式普通可分为定期的岁时祭祀与临时祭祀两类。定期的岁时祭祀以农业祭为主，狩猎祭、河川祭、祖灵祭和别的特殊祭仪次之。祭祀的对象和仪式各有特点，一般是以公开的集体方式进行。临时祭祀只在有特殊事故或发生灾祸时举行，祭祀的对象和仪式大多是固定的，也大多以公开集体方式进行，只有少数是私祭性质的。

　　此外，还有新年祭和祈年祭等。

　　新年祭是高山族支系中的雅美人和阿美人的传统祭祀节日。他们祭祀有不同的日期，雅美人在阳历12月前后择日举行，阿美人则以收割完庄稼的下个月的13、14日为祭日，节期为5天。雅美人举行新年祭是为了祈求来年丰收。他们过节的过程就是一个祭祀的过程。祭祀前夜，各家各户就开始捣粟煮饭。天亮后，宰猪煮肉，分送亲友。接下来打扮一新的一家人在家长的带领下，带着粟饭猪肉及各种芋制祭品来到海岸。各家家长头戴银质大礼帽，守礼服，佩金质大胸饰，手带银镯，非常庄重地把祭品放在海滩上，祭天神，祈求赐福。返家后另备祭品供奉祖先，祈求来年丰收。

　　而阿美人的新年祭，说它是一个祭祀活动不如说是全村的大聚会、大聚餐，其过程非常开心。在举行祭祀的头一天，未婚男青年在公共会所外，中老年人分别在会所与舞屋，举行诸神的尝新祭，用新粟配制的酒泼地作祭。之后便是这些男人们的天下了，他们整日喝酒跳舞，欢快异常。到了午夜前，青年人便到海边建小屋，而会所中的长老们则派人向每户征收鱼干，带到公所来吃。第二天一大早，老人们出发去海滨，由最高辈分的老人发令，竞走赴海捞鱼，按辈分编组。捕鱼归来，评出优胜者。当天夜里就在海边宿营。第三、四天，最年轻的一辈人着盛装，围绕着营舍走三圈，然后分食煮熟的鱼。由长老在公共会所讲评捞鱼的成绩，以酒奖赏得奖的人。最后，年长者在公共会所欢宴，其他人散去，年轻人则去舞屋参加舞蹈聚会，此时，女子也可以来一起共舞。第五天，鸡叫头遍，妇女们就起床煮票，到天亮时，就揭成了大型糍粑。近中午，就能听到有人喊：“携糍前来’于是妇女们像听到集合号一样，将自家的糍粑送到公共会所，分发给众人，众人也可带回家食用。自此，各家才开始举行家宴加以庆贺。而在舞场上认识的男女青年，如果相互中意就开始了交往，女方开始盛装访问男家，帮助男方汲取水、扫地，这也就意味着求婚。男方如果也乐意，就留她吃晚餐，餐后男方送女方回家，以进一步表达爱慕之情。这也是节日的一大收获。

　　祈年祭是高山族支系平埔人的传统祭祀节日，也叫做“换年”，也就是说新农作年又开始了，在农历的二月播种前择日举行。其目的就是为了祈求新年五谷丰登。平埔人以农事来区分新年，从二月播种至七月秋收为“力田”之时，其余时间为“换年”。据《台湾府志》载：“其耕田，以草生为准，秋成之日，谓之一年”，所以在播种前举行祈年祭。祭日那天，人们聚集在一起饮酒，谓之做节。

　　祭祀仪式开始，酋长先入座，大家围圈席地而坐，每人都带来了食品，以鹿肉为主，还有鱼肉蔬菜之类。食品集中平均分配，每人一份，绝对无亲疏远近的分别。吃过饭后，就进行歌舞。这在《台湾府动》中也有记载：“数十人挽手而唱，歌呼蹋蹄，音颇哀怨，相聚会饮，联手顿足歌唱，以为乐。”

　　占卜在台湾原住民诸族中，也是重要行为，出草、狩猎、祭祀；婚姻、建屋、开垦、都要占卜以问凶吉。依各族不同，而有各种占卜方法。占卜的方法有鸟占、石占、梦卜、水占、竹占、草占、瓢占等。

　　原住民用以作鸟占的鸟一般是艳头鸟（原住民语称为“西西里”，属燕雀目知目鸟科），以其方位和数量、鸣声长短、缓急、声调。回声等来判断吉凶。各族群用来占卜的鸟不尽相同，但一般都具有体态灵巧、鸣声富于节奏变化等特征，被赋予传达神旨，沟通人神的特殊本领。吉凶征兆的判断标准因族群部落而异，约定俗成。例如，布农人认为占卜鸟的鸣叫位置左吉右凶，飞向自左而右吉，自右而左凶；排湾人认为占卜鸟从右向左飞，谓之“挡路”，为凶兆，相反为吉兆等等。鸟占要格守禁忌，谨言慎行，否则失灵，鸟占通常与梦占并用。　　

　　石占是布农人盛行的古老占卜术，主要用于裁决盗窃案犯。占卜人取圆石置于刀尖、瓶口缘或葫芦嘴上，连唱三遍被怀疑者的名字，祈神赐知，如圆石始终不动，即神意裁定的案犯。石占须格守禁忌，谨言慎行，否则失灵。

　　原住民信仰的神灵，有创造宇宙的主神、自然神、精灵妖怪等几种。创造宇宙主神是宇宙的创造者和主宰人类吉凶祸福之神，如布农人的“利加宁”，曹人的“哈冒”，都是创造宇宙的最高主神。自然神是以广大自然物和自然现象为对象之神，如日月、星辰、山川、风云、雷电等，被认为具有伟大力量，可主宰人类祸福安危。原住民又常把自然神与司理神混淆合一，如认为山神就是狩猎神，河神就是渔泽之神等。司理神是掌管某一事务的神，阿美人、卑南人信这种神，已有人格化和系统化的倾向。司理神也有善恶之分，如山神、水神、风神、雨神、谷神、猎神、家宅之神等为善神；疫神、瘴神等为恶神。精灵崇拜是万物有灵的具体表现，原住民的精灵观念，大都属于泛神崇拜，又称精灵崇拜，即认为宇宙之中，到处都充满精灵。精灵的产生是由于恐惧，尤其是死亡，因为原始的生活环境充满了危险，部族中很多人都不能随自然凋谢而走完人生的旅程。　　

　　这类精灵的属类，依各族的观念不同而有深浅。素雅人、赛夏人、雅美人只有死亡的灵魂观念而无精灵崇拜；曹人与布农人则为创世纪神与灵魂观念相混合；排湾人、卑南人与阿美人则有泛神崇拜的倾向，由于已将精灵人格化，所以排湾人有祖先与精灵的雕像。妖怪则是恶神的一种，排湾人、卑南人与阿美人认为有专使人得病或死亡的妖怪，具有怪异的形状和性格。但各族常将鬼魂与精灵两者的定义混淆不清。例如丰收祭的对象为祖灵，同时也是泛灵或物神。他们的祖灵是总括，而非对某一祖先个人的崇拜。原住民信仰的神多是无形的，只部分有神位或神座。如泰雅人祭祀祖灵时，仅发出大声，招降在天之祖灵。他们虽也有借某物为祖灵之寄托，或设置特殊建筑物作为祖灵临时凭依、坐镇之处的表现，但这些物或建筑本身并非神灵。加赛夏人有家传之蜂巢，置于小藤笼内悬挂于梁柱上，作为祖灵寄托之物。曹人四社群落有卵形小贝，是祖先从本岛原住地分出时，分给各社的象征物，他们将卵形小贝置于小壶内，上面盖上石块，在屋内挖洞藏起来，每年以酒肉祭祖一次，他们认为这个小贝寓有祖灵。曹人阿里山群落在村社的入口处种植赤榕，作为祖灵临时的住处。中部阿美人在屋内绘有粗略的祖先肖像。排湾人、鲁凯人则有象征祖灵的人体雕刻。在鲁凯人、卑南人村社头目家门前榕树边雕刻有祖先之人形木像或石牌，以为祭祀时祖灵降临于此树，祭祖即以榕树旁的神牌为对象。南部排湾人在恒春一带，仅仅立一块未雕刻的石头在榕树旁作为神牌。