据史料记载，对伏羲的祭祀始于秦早期。西汉初年，继承秦之郊祭制度。东汉沿用此制。唐玄宗开元年间，在京师长安专建三皇庙，天宝六年确立三皇祭祀典范。北宋太平兴国初年，于天水卦台山创建伏羲庙，始立庙祀。金章宗明昌年间，卦台山祭祀伏羲始成规格，历年祭祀，并三年一大祭。元元贞年间，元成宗诏命全国通祀三皇，当时卦台山伏羲庙主祭伏羲，配祀炎帝神农和轩辕黄帝，每年三月三日、九月九日用太牢祭祀，并申明礼部，由官府出资，由官员主祭。明初，沿袭元制，卦台山被列为伏羲的陵墓，民间祭祀尚存。明成化十九年在秦州创建伏羲庙，正德五年，卦台山和秦州伏羲庙恢复春秋官祭，祭祀中心由卦台山移至秦州，卦台山逐渐变为民祭场所。嘉靖二年，秦州伏羲庙祭祀活动逐渐正规化、制度化，礼部还专门为祭祀制定程式化祭文，祭祀费用列为州署财政预算，制礼作乐，同时制定祭祀程序，祭祀进入极盛期，秦州伏羲庙成为全国性的规格最高的伏羲祭祀中心。
到清代以后，对伏羲的祭祀沿袭明代祭祀程序，同时在京师阜成门内建历代帝王庙，在正殿景德崇仁殿祭祀伏羲。清中期以后，祭祀逐渐转为民祭。1988年，天水市政府恢复公祭伏羲大典，1989年后，天水伏羲祭祀活动发展为全国最大的公祭伏羲活动。2005年，祭祀规格升格为省祭。2006年5月，伏羲庙祭祀礼仪入选首批国家级非物质文化遗产名录。
天水对人文始祖伏羲氏的祭祀，大约起始于宋金时期。
北宋太平兴国初年，秦州三阳川蜗牛堡(今卦台山)始创伏羲庙，应该是祭祀伏羲氏的开始。据天水青年学者刘雁翔先生推断，卦台山伏羲庙的祭祀很大可能曾纳入金代祭祀伏羲的统一规划，即由学士院特制祝文，颁行各处实施，京师不再设庙祭祀。
而据史料记载，至明代时，秦州伏羲庙成为全国性的伏羲氏祭祀活动的中心，以朝廷的名义(国家级规格)举行祭祀，成为秦州祭祀伏羲氏活动的辉煌时期和历史上的最高规格。祭祀费用列入州署财政预算，并由礼部制订祭文。
嘉靖十三年(1534年)，巡按甘肃御史张鹏、秦州知州黄仁隆主持制礼作乐，制订了祭祀程序、乐生舞生员额、祭祀人员的服饰、祭器等。张鹏并亲撰《迎神曲》、《送神曲》，祭祀进入极盛期。
